Mutterkloster und Namensgeber ist das Koster Citeaux (lat Cictercium = Zisterze) 1098 von dem Benediktiner Robert von Molesme (gest. 1111) gegründet. Ziel war eine Rückbesinnung auf die Regula Benedicti, die Mönche sollten von der eigenen Hände Arbeit leben. Es entstand eine eigene Liturgie und der erste zentral organisierte Möchsorden. 1119 bestätigte Papst Calixt II. die von Abt Stephan Harding verfasste Carta Caritatis als neue Verfassung. Mit dem Eintritt Bernhard von Clairvauxs 1112 wuchs die Gemeinschaft rasch.Die Klöster waren zwar selbständig, unterstanden aber ihrem Mutterkloster von dem aus sie gegründet worden waren (Filiationsprinzip). Bis zur Französischen Revolution war der Abt von Citeaux als Vorsitzender des Generalkapitels oberster Ordensleiter.Um den Mönchen genügend Zeit für Gebete und Gottesdienst zu lassen, wurde die Brüdergemeinschaft in Chromönche und Lainbrüder (Konversen) getrennt. Die Laienbrüder waren zum Großteil von ihren Gebetspflichten entbunden und konten so die zur Versorgung des Klosters notwendigen Arbeiten verrichten. Dies führte auch zu einer räumlichen Trennung in verschiedene Bereiche des Klosterareals. Laienbrüder bewirtschafteten die oft weit entfernten Wirtschaftshöfe, die Grangien.
Die erste Gründung in Deutschland ist 1123 Kloster Kamp, es folgen Ebrach und Walkenried. Im 12. und 13. Jh. trugen Neugründungen wesentlich zur Kolonisation der Gebiete östlich der Elbe bei.Der Reformgedanke beeinflusst auch die Gestaltung der Klosterbauten maßgeblich: Verzicht auf Schmuck und Verzierungen, Einfachheit und Funktionalität bestimmen die Räume aber auch Monumentalität. Die Kirchen haben keine Türme und Krypten, der Chorabschluß ist (zumindest am Anfang) gerade. Einfache Kapellen am Querhaus dienen zu Einzelandachten. Es entsteht ein Standardtypus, an den sich die Neugründungen halten müssen. Dies gilt auch für die Lage: möglichst fern jeder Siedlung mit ausreichend Wasser und Platz für die notwendige Landwirtschaft.